Burrows-Wheeler Aligner(BWA) Alignment 분석 도구 설치 및 실행 방법

http://bio-bwa.sourceforge.net/ 소스 및 메뉴얼

압축 해제 후 설치를 진행한다.

 

명령어 예제).

make & make  install

 

기본 동작 순서는 다음과 같다.
레퍼런스 시퀀싱을 데이터를 인덱싱한다.

 

명령어 예제).

bwa index -a bwtsw database.fasta

리드 파일들을 레퍼런스 매핑한다.

명령어 예제).

bwa aln database.fasta short_read.fastq > aln_sa.sai

매핑된 결과를 SAM 표준 파일로 변환한다.

 

명령어 예제). 

bwa sampe database.fasta aln_sa1.sai aln_sa2.sai read1.fq read2.fq > aln.sam

레퍼런스 시퀀싱을 인덱싱 한다. 데이터 Chromosome 별로 분리되어 있는 경우 파일을 하나로 병합한다.

명령어 예제).

cat /home/ofang/hg19/chr* > hg19.fa

BWA를 이용하여 레퍼런스 파일을 인덱싱 한다. (인간 유전체와 같이 레퍼런스 파일 크기가 크다면 -a bwtsw 옵션을 지정해야 한다.)

명령어 예제).

/home/ofang/programs/bwa-0.5.8a/bwa index -a bwtsw /home/ofang/hg19/hg19.fa

리드 데이터들을 인덱싱한 레퍼런스 파일에 Alignment 분석 단계를 진행한다.

명렁어 예제).

bwa aln /home/ofang/hg19/hg19.fa test_1.fastq > test_1.sai

일반 FASTQ 파일 뿐만 아니라 압축된 파일도(bz) 지원이 되며 폴더 단위로도 분석 진행이 가능하다.

명령어 예제).

/home/ofang/programs/bwa-0.5.8a/bwa aln /BiO/human_genome/bwa_index/hg_19_male/hg19.fa ./*.gz > ./test.sai
/home/ofang/programs/bwa-0.5.8a/bwa aln /BiO/human_genome/bwa_index/hg_19_male/hg19.fa ./*.fastq > ./test.sai

Alignment 분석 결과 생성된 결과(*.SAI 파일)을 SAM 형태로 변경한다.

명령어 예제).

home/ofang/programs/bwa-0.5.8a/bwa sampe \
/BiO/human_genome/bwa_index/hg_19_male/hg19.fa \
test.sai test2.sai test_1.fastq test_2.fastq > out.sam