MapSplice2 Alignment 분석 도구 설치 및 실행 방법

MapSplice 2 에서는 Bowtie Builder 로 생성된 레퍼런스 인덱스 파일을 사용한다.

Bowtie 인덱스 파일을 이용하여 리드들을 Alignment 하는 분석 단계를 수행한다.

python mapsplice.py [options]* \
-c <Reference_Sequence> \
-x <Bowtie_Index> \
-1 <Read_List1> \
-2 <Read_List2>

 

명령어 예제).

/usr/bin/python ~/MapSplice-v2.2.1/mapsplice.py -p 4 \
--qual-scale phred33 --bam --fusion \
-o /$output_path \
-c ~/hg19 \
-x ~/hg19/hg19 \
-1 ~/R1_001.fastq \
-2 ~/R2_001.fastq