1. hostname 명령어를 이용하여 현재 host를 확인한다. 2. root 권한으로 /etc/hostname의 내용을 변경한다. 3. hostname -F /etc/hostname 명령어로 변경한 hostname을 적용한다.

Burrow-wheeler Transform 알고리즘은 Block-Sorting compression으로 불린다. BWT 알고리즘은 압축을 시킬 파일의 구성 원소를 빈도 수 별로 분석 한 후 분석된 값을 효율 적으로 표현 시키는 data compression에 사용되는 알고리즘이다. 문자열이 BWT에 의해 변환되면 character 의 값은 변하지 않고 순서들만 변하게 된다. 원본 문자열에서 몇몇 substring이 자주 발생하게 되면, 변환된 문자열에서는 single character가 여러 번 반복되는 위치가 생기게 된다. 이것은 move-to-front transform과 run-length encoding에 의해 압축하기에 편리하다. output이 input에 비해서 압축 하기가 쉬운 이유는 많은..

http://bio-bwa.sourceforge.net/ 소스 및 메뉴얼 압축 해제 후 설치를 진행한다. 명령어 예제). make & make install 기본 동작 순서는 다음과 같다. 레퍼런스 시퀀싱을 데이터를 인덱싱한다. 명령어 예제). bwa index -a bwtsw database.fasta 리드 파일들을 레퍼런스 매핑한다. 명령어 예제). bwa aln database.fasta short_read.fastq > aln_sa.sai 매핑된 결과를 SAM 표준 파일로 변환한다. 명령어 예제). bwa sampe database.fasta aln_sa1.sai aln_sa2.sai read1.fq read2.fq > aln.sam 레퍼런스 시퀀싱을 인덱싱 한다. 데이터 Chromosome 별로..

NCBI SRA 파일을 다운로드 후 분석을 위한 FASTQ 파일 포멧으로 변경시 SRA-Toolkit 을 이용하여 변경한다. SRA 파일이 Single 일 경우 fastq-dump 명령어로 변환하면 되지만 Paired-end 경우 다음과 같은 옵션을 지정하여 변경한다. 명령어 예제). fastq-dump --split-files

/eclipse/org.eclipse.platform_3.6.0.~ 경로에 있는 splash.bmp 이미지 파일을 대체

export TERM="xterm-color" export CLICOLOR=1 export LSCOLORS=ExFxCxDxBxegedabagacad alias ls="ls -lv" alias ll="ls -al"

root 패스워드 초기 설정 sudo passwd Password : Enter new UNIX password:

qsub -S /usr/bin/python -wd /home/neuma2/bio/ test.py qacct -j 66054 | grep exit_status | awk '{print $2}' qstat -j qID # job 상세 정보 qacct -j qID # job 정보