MapSplice 2 에서는 Bowtie Builder 로 생성된 레퍼런스 인덱스 파일을 사용한다. Bowtie 인덱스 파일을 이용하여 리드들을 Alignment 하는 분석 단계를 수행한다. python mapsplice.py [options]* \ -c \ -x \ -1 \ -2 명령어 예제). /usr/bin/python ~/MapSplice-v2.2.1/mapsplice.py -p 4 \ --qual-scale phred33 --bam --fusion \ -o /$output_path \ -c ~/hg19 \ -x ~/hg19/hg19 \ -1 ~/R1_001.fastq \ -2 ~/R2_001.fastq

프로젝트 Run-Configurations 에서 다음과 같이 진행한다. 1). Main 탭에 Clear 라디오 버튼을 활성화 한다. 2). Plug-ins 탭에 전체 Plug-ins를 선택하고 Add Required Plug-ins 버튼을 실행한다. 3). 하단에 있는 Validate Plug-ins 버튼을 실행 후 Apply 로 실행하면 장애 없이 실행이 가능하다.

mkdir ~/.ssh ssh-keygen -t rsa -P "" cp /home/stat/.ssh/id_rsa.pub /home/stat/.ssh/authorized_keys chmod 755 ~/.ssh chmod 644 ~/.ssh/authorized_keys sudo /etc/init.d/ssh restart ssh localhost

SparkConf sparkConf = new SparkConf(); sparkConf.setAppName(uid); sparkConf.setMaster("yarn"); sparkConf.set("spark.kryo.registrator", "org.kobic.shark.spark.model.SharkRegistrator"); sparkConf.set("spark.serializer", "org.apache.spark.serializer.KryoSerializer"); sparkConf.set("spark.kryo.registrationRequired", "true"); sparkConf.set("spark.executor.cores", config.get(Constants.SPARK_MAX_CORE))..

# 리눅스 명령어 중에서 현재 경로에 용량이 가장 큰 폴더나 파일을 출력할때 다음 명령어 사용 du -k /foldername | sort -n | tail -10 du -ckx | sort -n > /tmp/duck-root

BLAST NR 데이터베이스에서 FASTA 형태의 Sequences 데이터를 추출할때 다음과 같은 명령어를 이용한다. 명령어 예제). blastdbcmd \ -db est \ -dbtype nr \ -entry_batch myContigList.txt \ -outfmt %f \ -out myHitContigs.fasta

Mac 환경에서 MySQL 5.7.9 버젼 설치 후 root 접속 시도 시 패스워드 장애로 MySQL 접속이 불가능하다. sudo /usr/local/mysql/support-files/mysql.server stop sudo mysqld_safe --skip-grant-tables mysql -u root update mysql.user set password=password('2261bbs') where user='root'; 콘솔 윈도우에서 mysqld_safe 실행으로 safe 모드로 MySQL 데몬을 구동하고 다른 콘솔 윈도우를 띄어 MySQL에 접속한다. mysql -u root 접속 후 다음 명령어로 root 비밀번호를 업데이트한다. [5.7 이전 버젼] update mysql.user se..

eclipse 에서 스프링 프레임워크 적용해 프로젝트를 진행 시 아래와 같은 장애 발생한다. cvc-complex-type-3.2.2: Attribute 'local' is not allowed to appear in element 'ref' 스프링 4.0 부터는 spring-beans.xsd 에서 local을 지원하지 않기에 스프링 프레임워크 4.0버젼 이하의 프로젝트 일 경우 아래와 같이 bean 설정을 수정한다.