Sun Grid Engine 에서 실행 명령어를 연계된 컴퓨팅 노드로 분산 처리하여 실행할 수 있는 명령어는 다음과 같다. qsub -b y -N [작업 이름] "[실행 명령어]" 명령어 예제) qsub -b y -N task_name "echo hello"
# 구글 크롬 설치 파일을 다운 받아 설치 전 아래의 명령어를 이용하여 필요한 라이브러리 설치 sudo apt-get install libxss1 libgconf2-4 libappindicator1 libindicator7 # 다운로드 크롬 설치 파일 설치 sudo dpkg i google~.deb
1). Ubuntu git 설치 명령어 예제 sudo apt-get install git 2). git 명령어 solarized 테마 다운로드 및 설치하기 명령어 예제 git clone https://github.com/sigurdga/gnome-terminal-colors-solarized.git cd gnome-terminal-colors-solarized install ➜ gnome-terminal-colors-solarized git:(master) ✗ ./install.sh This script will ask you which color scheme you want, and which Gnome Terminal profile to overwrite. Please note that there i..
Ubuntu 에서 ZSH 설치 및 Oh My ZSH 설치를 위하여 다음과 같은 순서로 명령어 실행 1). root 초기 비밀번호 설정 명령어 예제 sudo passwd 2). apt-get 업데이트 진행 명령어 예제 sudo apt-get update 3). apt-get 을 이용한 git 설치 명령어 예제 sudo apt-get install git 4). apt-get 을 이용한 zsh 설치 명령어 예제 sudo apt-get install zsh zsh --version 5). Ubuntu 기본 shell 을 bash 에서 zsh 변경 명령어 예제 chsh -s 'which zsh' echo $SHELL 6). oh my zsh 설치 명령어 예제 curl -L https://raw.github.co..
systemctl stop firewalld systemctl disable firewalld iptables-service touch /etc/sysconfig/iptables systemctl start iptables systemctl enable iptables touch /etc/sysconfig/ip6tables systemctl start ip6tables systemctl enable ip6table
Github 사이트에서 BigBWA 를 다운 받아 설치한다. (https://github.com/citiususc/BigBWA) 1). 애플리케이션 디렉토리로 이동하여 Makefile.common 수정한다. (중요: 컴파일시 -lz 옵션이 추가되지 않으면, gzlib 관련 에러 발생) -변경전 LIBBWA_LIBS = -lrt -변경후 LIBBWA_LIBS = -lrt -lz 2). 애플리케이션 디렉토리로 이동하여 build.sh 코드를 시스템 환경에 맞게 변경 후 실행한다. #!/bin/bash cd BigBWA-master make clean make cd .. bash scp.sh \ 'BigBWA-master/build/BigBWA.jar BigBWA-master/build/bwa.zip' \ /..
MapSplice 2 에서는 Bowtie Builder 로 생성된 레퍼런스 인덱스 파일을 사용한다. Bowtie 인덱스 파일을 이용하여 리드들을 Alignment 하는 분석 단계를 수행한다. python mapsplice.py [options]* \ -c \ -x \ -1 \ -2 명령어 예제). /usr/bin/python ~/MapSplice-v2.2.1/mapsplice.py -p 4 \ --qual-scale phred33 --bam --fusion \ -o /$output_path \ -c ~/hg19 \ -x ~/hg19/hg19 \ -1 ~/R1_001.fastq \ -2 ~/R2_001.fastq
프로젝트 Run-Configurations 에서 다음과 같이 진행한다. 1). Main 탭에 Clear 라디오 버튼을 활성화 한다. 2). Plug-ins 탭에 전체 Plug-ins를 선택하고 Add Required Plug-ins 버튼을 실행한다. 3). 하단에 있는 Validate Plug-ins 버튼을 실행 후 Apply 로 실행하면 장애 없이 실행이 가능하다.