최신 컨텐츠
Mac 운영체제에서 MongoDB 포트 변경 방법
Database
2024.07.19 23:55
1.MongoDB 실행 포트 확인하기lsof -i | grep mongo 2.mongod.conf 위치macOS Apple silicon: /opt/homebrew/etc/mongod.conf (homebrew 이용하여 mongodb 설치 경우)macOS Intel chip: /usr/local/etc/mongod.confLinux: /etc/mongod.conf systemLog: destination: file path: /opt/homebrew/var/log/mongodb/mongo.log logAppend: true storage: dbPath: /opt/homebrew/var/mongodb net: bindIp: 0.0.0.0, ::1 ipv6: true port: 28..
거대 언어 모델 기반 scBERT 분석 도구 설치 및 실행
Bioinformatics
2024.07.19 23:47
## 분석 환경1. Ubuntu 23.042. NVIDA GeForce RTX 30903. CUDA Driver Version 12.23. Anaconda ## conda env installconda search "^python$"conda clean -iconda clean --allconda remove --name scbert --allconda create -n scbert python==3.7.12 pip -c conda-forgeconda activate scbert ## package installpip install pandaspip install scipypip install scikit-learnpip install einopspip install local_attentionpip i..
Docker 기반 Slurm Cluster 구성하기
System Management
2024.05.21 13:50
docker-compose를 이용해서 slurm cluster 구성 (연산 노드 자원 설정) 1. docker-compose yml 파일 작성services: slurmjupyter: image: rancavil/slurm-jupyter:19.05.5-1 hostname: slurmjupyter user: admin volumes: - shared-vol:/home/admin - /Users/kogun82/Documents/docker/cluster/store:/BiO ports: - 8888:8888 - 3030:3030 slurm..
CocoaPods 1.11.3 out of date (1.13.0 is recommended).
Mobile
2024.05.09 15:45
flutter doctor 명령어 실행 시 다음과 같은 장애가 발생 CocoaPods 버전 문제로 발생하는 상황pod --version 다음 명령어를 이용해서 업데이트하여 장애 해결sudo gem install cocoapods -n/usr/local/bin
CUDA out of memeory.. 장애 발생 해결 방법
Deep Learning
2024.05.03 15:40
[장애 메세지]If reserved memory is >> allocated memory try setting max_split_size_mb to avoid fragmentation. See documentation for Memory Management and PYTORCH_CUDA_ALLOC_CONF [해결 방법]다음과 유사한 방식으로 환경 변수 설정Windows: set 'PYTORCH_CUDA_ALLOC_CONF=max_split_size_mb:512'Linux: export 'PYTORCH_CUDA_ALLOC_CONF=max_split_size_mb:512'
모바일 앱 입문 이야기
Mobile2024.01.13 22:40VS Code Flutter Extension 목록
1. Flutter, Dart 2. Awesome Flutter Snippets 3. Dart Data Class Generator 4. Error Lens 5. Flutter Tree 6. Pubspec Assist 7. Advanced New File
SYSTEM 2018+
Sun Grid Engine 실행 작업 상세 내역 확인 명령어
System Management
2012.05.30 17:00
qsub -S /usr/bin/python -wd /home/neuma2/bio/ test.py qacct -j 66054 | grep exit_status | awk '{print $2}' qstat -j qID # job 상세 정보 qacct -j qID # job 정보
Docker 기반 Slurm Cluster 구성하기
System Management
2024.05.21 13:50
docker-compose를 이용해서 slurm cluster 구성 (연산 노드 자원 설정) 1. docker-compose yml 파일 작성services: slurmjupyter: image: rancavil/slurm-jupyter:19.05.5-1 hostname: slurmjupyter user: admin volumes: - shared-vol:/home/admin - /Users/kogun82/Documents/docker/cluster/store:/BiO ports: - 8888:8888 - 3030:3030 slurm..
윈도우 환경에서 GPU 사용하기
System Management
2024.01.28 00:59
1. PC 장착된 GPU 모델 확인 - 현재 그래픽 카드 정보 NVIDIA Geforce RTX 3090 2. CUDA Veresion 확인 nvidia-smi Compute Capability: https://en.wikipedia.org/wiki/CUDA#GPUs_supported CUDA - Wikipedia From Wikipedia, the free encyclopedia Parallel computing platform and programming model CUDA (or Compute Unified Device Architecture) is a proprietary and closed-source parallel computing platform and application programm..
Docker push no basic auth credentials nexus error
System Management
2022.02.13 00:02
docker nexus 환경에서 새로운 이미지 push 경우 docker push no basic auth credentials 장애 발생 시 다음과 같이 docker logout 이후 login 으로 장애 해결 docker logout docker login localhost:5000
Docker 컨테이너 생성 방법
System Management
2021.05.20 22:03
1). docker pull centos:7 -> docker 이미지 다운로드 2). docker images -> 도커 이미지 목록 출력 3). docker create -i -t --name mycentos centos:7 4). docker start mycentos -> 생성 docker 컨테이너 시작 5). docker attach mycentos -> docker 컨테이너 실행 시 사용 5-1). 외부에서 컨테이너 진입 시 docker exec -i -t --name $name /bin/bash 로 실행 6). exit 명령어를 사용하면 bash 종료와 함께 컨테이너 종료, Ctrl + P, Q 컨테이너 종료 없이 docker 빠져 나온다.
Docker /var/run/docker.sock의 permission denied 장애 처리
System Management
2021.05.20 21:48
장애 처리 1). /var/run/docker.sock 파일의 권한을 666으로 변경 sudo chmod 666 /var/run/docker.sock 장애 처리 2). chown 으로 group ownership 변경 sudo chown root:docker /var/run/docker.sock
리눅스에서 JAVA classpass와 path 설정하기
System Management
2010.07.14 14:02
1. 자바파일 설치 ./jdk-1_5_0_09-linux-i586-rpm.bin 2. 설치된곳을 find 명령어로 찾는다 find / -name javac 3. 환경파일 설정 vi /etc/profile JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.6.0_12 export JAVA_HOME PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH CLASSPATH=$CLASSPATH:$JAVA_HOME/lib 4. 변경된 환경변수 적용 source /etc/profile
ModuleNotFoundError: No module named '_sqlite3' 장애 조치
System Management
2019.10.14 15:48
Jupyter 설치 시 아래와 같은 장애가 발생하면 다음과 조치한다. [장애 메세지] ModuleNotFoundError: No module named '_sqlite3' [해결 방안] 1. Install the sqlite-devel package: yum install sqlite-devel -y 2. Recompile python from the source: ./configure make make altinstall
CentOS에서 alternatives 이용한 java version 관리
System Management
2018.07.31 13:38
alternatives --install /usr/bin/java java /opt/jdk/1.8.0_131/bin/java 2 alternatives --config java #There is 1 program that provides 'java'. # Selection Command #----------------------------------------------- #*+ 1 /opt/jdk1.8.0_131/bin/java #Enter to keep the current selection[+], or type selection number: #javac와 jar 명령어 경로도 alternatives 적용 권장 #At this point JAVA 8 has been successfully insta..
Netdata 모니터링 설치
System Management
2017.08.24 13:54
1). 시스템 준비 명령어 [centos] yum install autoconf automake curl gcc git libmnl-devel libuuid-devel lm-sensors make MySQL-python nc pkgconfig python python-psycopg2 PyYAML zlib-devel [ubuntu] apt-get install zlib1g-dev uuid-dev libmnl-dev gcc make git autoconf autoconf-archive autogen automake pkg-config curl 2). 코드 다운로드 git clone https://github.com/firehol/netdata.git --depth=1 cd netdata 3). 설치 ./ne..
리눅스 사용자 sudo 권한 부여
System Management
2014.06.09 20:43
사용자에게 root 권한 주기 1). /etc/sudoers 파일 수정. $ visudo 2). 다음과 같이 root 권한 설정 밑에 관리자 권한을 줄 계정을 써주고 저장. root ALL=(ALL) ALL USER_NAME ALL=(ALL) ALL
Bioinformatics 2008+
Bioinformatics2024.07.19 23:47거대 언어 모델 기반 scBERT 분석 도구 설치 및 실행
## 분석 환경1. Ubuntu 23.042. NVIDA GeForce RTX 30903. CUDA Driver Version 12.23. Anaconda ## conda env installconda search "^python$"conda clean -iconda clean --allconda remove --name scbert --allconda create -n scbert python==3.7.12 pip -c conda-forgeconda activate scbert ## package installpip install pandaspip install scipypip install scikit-learnpip install einopspip install local_attentionpip i..
Bioinformatics2020.03.16 17:53코로나19(SARS-CoV-2) 바이러스 변이 유전역학 데이터 가시화
코로나 19 유전역학 확산 패턴을 확인 할 수 있도록 GISAID 에서 제공하는 데이터와 Auspice( Interactive exploration of phylodynamic & phylogenomic data) 를 이용하여 데이터 가시화 Auspice 를 설치하기 위해서는 Python 3.7 버전 이상의 환경이 필요 npm 설치가 되어있지 않으면 우선 아래 명령어를 이용해 npm 설치 rpm -qa | grep node yum remove -y nodejs npm #NodeJS 13.x # As root curl -sL https://rpm.nodesource.com/setup_13.x | bash - # No root privileges curl -sL https://rpm.nodesource.co..
Bioinformatics2017.01.18 14:58SparkBWA Alignment 분석 도구 설치 및 실행 방법
설치 방법 git clone https://github.com/citiususc/SparkBWA.git cd SparkBWA ~/SparkBWA/src/main/native/Makefile.common 파일 수정 CFLAGS = -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -fPIC (변경 또는 추가) mvn package [실행 명령어] spark-submit --class SparkBWA --master yarn-client \ --conf "spark.executor.extraJavaOptions=-Djava.library.path=./bwa.zip" \ --conf "spark.yarn.executor.memoryOverhead=8704" \ --driver-memory 4G --..