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윈도우 환경에서 GPU 사용하기
1. PC 장착된 GPU 모델 확인 - 현재 그래픽 카드 정보 NVIDIA Geforce RTX 3090 2. CUDA Veresion 확인 nvidia-smi Compute Capability: https://en.wikipedia.org/wiki/CUDA#GPUs_supported CUDA - Wikipedia From Wikipedia, the free encyclopedia Parallel computing platform and programming model CUDA (or Compute Unified Device Architecture) is a proprietary and closed-source parallel computing platform and application programm..
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Flutter 실행과 디버깅 방법
터미널에서 명령어로 프로젝트 생성 및 실행 flutter create ${project} #프로젝트 생성 flutter run#프로젝트 실행 flutter run -d all #iso, android emulator 동시 실행 # Android Emulator # Cold Boot / Boot 차이 # Cold Boot 완전히 종료 후 재실행 같이 실행 Visual Studio 생성 및 디버깅 모드로 실행하기 Shift + Command + P 누른 후 Flutter 입력 Flutter:New Project 실행 Application 선택 후 프로젝트 생성 경로 지정 Emulator 실행 Flutter: Launch Emulator 실행 프로젝트 실행 Shift + Command + P 누른 후 debu..
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Cutadapt 설치 명령어
# conda install conda create -n cutadapt python==3.9.18 pip # conda cutadapt activate conda activate cutadapt # pip install cutadapt pip install cutadapt #Ubuntu, Devian 리눅스 설치 명령어 sudo apt install cutadapt
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VS Code Flutter Extension 목록
1. Flutter, Dart 2. Awesome Flutter Snippets 3. Dart Data Class Generator 4. Error Lens 5. Flutter Tree 6. Pubspec Assist 7. Advanced New File
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Flutter 개발 환경 구축 (Mac)
1. Flutter SDK 다운로드 https://docs.flutter.dev/get-started/install/macos/mobile-ios?tab=download Start building Flutter iOS apps on macOS Configure your system to develop Flutter mobile apps on macOS and iOS. docs.flutter.dev 2. Flutter SDK 환경 변수 설정 Mac에서 zsh 사용 시 .zshrc 파일에 환경 변수 설정 # Flutter FLUTTER_HOME=/Users/kogun82/Documents/sdk/flutter/current PATH=$FLUTTER_HOME/bin:$PATH 3. Flutter Doctor ..
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jupyter lab 실행 시 완료 후 결과가 나오질 않을 경우
Connecting to kernel 상태에서 실행 시 결과가 나오지 않고 다음 cell로 그냥 넘어 가는 경우 tornado 패키지를 최신 버전으로 업데이트 pip list | grep tornado tornado 6.0 pip uninstall tornado pip install tornado jupyter lab 재시작
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kibana 구동 시 resource_already_exists_exception 장애 해결 방법
curl -XDELETE http://localhost:9200/*
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Docker를 이용한 Kafka-UI 설치 명령어
docker run -p 8181:8080 --name kafka --rm \ -e KAFKA_CLUSTERS_0_NAME=kobic \ -e KAFKA_CLUSTERS_0_ZOOKEEPER=192.168.153.140:2181,192.168.153.141:2181,192.168.153.142:2181 \ -e KAFKA_CLUSTERS_0_BOOTSTRAPSERVERS=192.168.153.140:9092,192.168.153.141:9092,192.168.153.142:9092 \ -d provectuslabs/kafka-ui:latest
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MySQL 8.0 사용자 계정 생성 및 권한 설정
show variables like 'validate_password%'; set global validate_password.policy=LOW; create user 'sample'@'%' identified by 'sample123'; grant all privileges on *.* to sample@'%' with grant option; drop user 'sample'@'%'; flush privileges;
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MongoDB 데이터베이스 사용자 추가 및 권한 설정
/etc/mongod.conf에서 security.authorization이 true를 false로 변경 후 사용자 계정 추가 및 변경 sudo service mongod restart mongo --port 27818 --authenticationDatabase "admin" -u "admin" -p use admin show users # 사용자 추가 db.createUser({ user: 'root', pwd: 'kobic!@#$', roles: ['root'] }) # 사용자 권한 변경 및 추가 db.grantRolesToUser('cloud_team', [{ role: 'root', db: 'admin' }]) 추가 변경 작업 이후 주석 처리한 security.authorization 수정
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MariaDB 사용자 접근 권한 설정
# 사용자 권한 설정 mysql> grant all privileges on dbname.table to userid@host identified by 'password'; ## ## 모든 db 및 테이블에 접근권한 설정 mysql> grant all privileges on *.* to userid@host identified by 'password'; ## 모든 db 및 테이블에 권한을 주고 로컬 및 리모트에서도 접속가능하도록 설정 mysql> grant all privileges on *.* to userid@'%' identified by 'password'; ## 설정한 권한 적용 mysql> flush privileges; ## 권한 삭제 mysql> revoke all on dbname.ta..
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Docker Ubuntu 이미지에서 R 설치
docker run -i -t -d -p 13118:13118 -v /BiO/storage/docker/gedie:/BiO --name gedie ubuntu:latest sudo apt update -qq sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 sudo wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/..
모바일 앱 입문 이야기
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VS Code Flutter Extension 목록
1. Flutter, Dart 2. Awesome Flutter Snippets 3. Dart Data Class Generator 4. Error Lens 5. Flutter Tree 6. Pubspec Assist 7. Advanced New File
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Flutter 개발 환경 구축 (Mac)
1. Flutter SDK 다운로드 https://docs.flutter.dev/get-started/install/macos/mobile-ios?tab=download Start building Flutter iOS apps on macOS Configure your system to develop Flutter mobile apps on macOS and iOS. docs.flutter.dev 2. Flutter SDK 환경 변수 설정 Mac에서 zsh 사용 시 .zshrc 파일에 환경 변수 설정 # Flutter FLUTTER_HOME=/Users/kogun82/Documents/sdk/flutter/current PATH=$FLUTTER_HOME/bin:$PATH 3. Flutter Doctor ..
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Flutter 실행과 디버깅 방법
터미널에서 명령어로 프로젝트 생성 및 실행 flutter create ${project} #프로젝트 생성 flutter run#프로젝트 실행 flutter run -d all #iso, android emulator 동시 실행 # Android Emulator # Cold Boot / Boot 차이 # Cold Boot 완전히 종료 후 재실행 같이 실행 Visual Studio 생성 및 디버깅 모드로 실행하기 Shift + Command + P 누른 후 Flutter 입력 Flutter:New Project 실행 Application 선택 후 프로젝트 생성 경로 지정 Emulator 실행 Flutter: Launch Emulator 실행 프로젝트 실행 Shift + Command + P 누른 후 debu..
SYSTEM 2018+
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ModuleNotFoundError: No module named '_sqlite3' 장애 조치
Jupyter 설치 시 아래와 같은 장애가 발생하면 다음과 조치한다. [장애 메세지] ModuleNotFoundError: No module named '_sqlite3' [해결 방안] 1. Install the sqlite-devel package: yum install sqlite-devel -y 2. Recompile python from the source: ./configure make make altinstall
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윈도우 환경에서 GPU 사용하기
1. PC 장착된 GPU 모델 확인 - 현재 그래픽 카드 정보 NVIDIA Geforce RTX 3090 2. CUDA Veresion 확인 nvidia-smi Compute Capability: https://en.wikipedia.org/wiki/CUDA#GPUs_supported CUDA - Wikipedia From Wikipedia, the free encyclopedia Parallel computing platform and programming model CUDA (or Compute Unified Device Architecture) is a proprietary and closed-source parallel computing platform and application programm..
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CentOS에서 alternatives 이용한 java version 관리
alternatives --install /usr/bin/java java /opt/jdk/1.8.0_131/bin/java 2 alternatives --config java #There is 1 program that provides 'java'. # Selection Command #----------------------------------------------- #*+ 1 /opt/jdk1.8.0_131/bin/java #Enter to keep the current selection[+], or type selection number: #javac와 jar 명령어 경로도 alternatives 적용 권장 #At this point JAVA 8 has been successfully insta..
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Netdata 모니터링 설치
1). 시스템 준비 명령어 [centos] yum install autoconf automake curl gcc git libmnl-devel libuuid-devel lm-sensors make MySQL-python nc pkgconfig python python-psycopg2 PyYAML zlib-devel [ubuntu] apt-get install zlib1g-dev uuid-dev libmnl-dev gcc make git autoconf autoconf-archive autogen automake pkg-config curl 2). 코드 다운로드 git clone https://github.com/firehol/netdata.git --depth=1 cd netdata 3). 설치 ./ne..
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Docker 컨테이너 생성 방법
1). docker pull centos:7 -> docker 이미지 다운로드 2). docker images -> 도커 이미지 목록 출력 3). docker create -i -t --name mycentos centos:7 4). docker start mycentos -> 생성 docker 컨테이너 시작 5). docker attach mycentos -> docker 컨테이너 실행 시 사용 5-1). 외부에서 컨테이너 진입 시 docker exec -i -t --name $name /bin/bash 로 실행 6). exit 명령어를 사용하면 bash 종료와 함께 컨테이너 종료, Ctrl + P, Q 컨테이너 종료 없이 docker 빠져 나온다.
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리눅스 사용자 sudo 권한 부여
사용자에게 root 권한 주기 1). /etc/sudoers 파일 수정. $ visudo 2). 다음과 같이 root 권한 설정 밑에 관리자 권한을 줄 계정을 써주고 저장. root ALL=(ALL) ALL USER_NAME ALL=(ALL) ALL
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Docker push no basic auth credentials nexus error
docker nexus 환경에서 새로운 이미지 push 경우 docker push no basic auth credentials 장애 발생 시 다음과 같이 docker logout 이후 login 으로 장애 해결 docker logout docker login localhost:5000
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리눅스에서 JAVA classpass와 path 설정하기
1. 자바파일 설치 ./jdk-1_5_0_09-linux-i586-rpm.bin 2. 설치된곳을 find 명령어로 찾는다 find / -name javac 3. 환경파일 설정 vi /etc/profile JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.6.0_12 export JAVA_HOME PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH CLASSPATH=$CLASSPATH:$JAVA_HOME/lib 4. 변경된 환경변수 적용 source /etc/profile
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CentOS에서 alternatives 이용한 java version 관리
alternatives --install /usr/bin/java java /opt/jdk/1.8.0_131/bin/java 2 alternatives --config java #There is 1 program that provides 'java'. # Selection Command #----------------------------------------------- #*+ 1 /opt/jdk1.8.0_131/bin/java #Enter to keep the current selection[+], or type selection number: #javac와 jar 명령어 경로도 alternatives 적용 권장 #At this point JAVA 8 has been successfully insta..
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Docker /var/run/docker.sock의 permission denied 장애 처리
장애 처리 1). /var/run/docker.sock 파일의 권한을 666으로 변경 sudo chmod 666 /var/run/docker.sock 장애 처리 2). chown 으로 group ownership 변경 sudo chown root:docker /var/run/docker.sock
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Sun Grid Engine 실행 작업 상세 내역 확인 명령어
qsub -S /usr/bin/python -wd /home/neuma2/bio/ test.py qacct -j 66054 | grep exit_status | awk '{print $2}' qstat -j qID # job 상세 정보 qacct -j qID # job 정보
Bioinformatics +2008
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Cutadapt 설치 명령어
# conda install conda create -n cutadapt python==3.9.18 pip # conda cutadapt activate conda activate cutadapt # pip install cutadapt pip install cutadapt #Ubuntu, Devian 리눅스 설치 명령어 sudo apt install cutadapt
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코로나19(SARS-CoV-2) 바이러스 변이 유전역학 데이터 가시화
코로나 19 유전역학 확산 패턴을 확인 할 수 있도록 GISAID 에서 제공하는 데이터와 Auspice( Interactive exploration of phylodynamic & phylogenomic data) 를 이용하여 데이터 가시화 Auspice 를 설치하기 위해서는 Python 3.7 버전 이상의 환경이 필요 npm 설치가 되어있지 않으면 우선 아래 명령어를 이용해 npm 설치 rpm -qa | grep node yum remove -y nodejs npm #NodeJS 13.x # As root curl -sL https://rpm.nodesource.com/setup_13.x | bash - # No root privileges curl -sL https://rpm.nodesource.co..
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SparkBLAST 설치 및 실행하기
SparkBLAST 는 Spark 2.0 에서 정상 실행되며, BLAST 버젼은 2.2.29 으로 실행 테스트하였다. SparkBLAST 소스 다운로드 $ git clone https://github.com/Ufscar-Fiocruz-Ifsul/spark-blast2.0.git 소스 패키징을 위하여 sbt 를 설치한다. 설치하는 운영환경은 centOS 7.3에서 아래와 같은 명령어로 설치 가능 curl https://bintray.com/sbt/rpm/rpm | sudo tee /etc/yum.repos.d/bintray-sbt-rpm.repo sudo yum install sbt /home/kogun82/spark-blast2.0 위치에서 아래의 명령어로 패키징 $ sbt package 패키징 이후 /..
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PASTASpark 설치 및 실행하기
1). pasta와 pastaspark 소스를 git으로 다운받는다. 명령어). git clone https://github.com/citiususc/pastaspark.git git clone https://github.com/smirarab/pasta.git 2). pasta 폴더에 있는 run_pasta_gui.py 파일을 pastaspark 폴더에 복사한다. 3). 다음의 명령어로 pastaspark를 설치한다. 명령어). python setup.py develop --user 4). 설치 후 사용자 계정에 .local 이라는 폴더가 생성되며, pastaspark에 필요한 라이브러리와 실행파일들이 생성된다. 5). 샘플 예제 파일 실행하기 명령어). spark-submit --master loca..
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SparkBWA Alignment 분석 도구 설치 및 실행 방법
설치 방법 git clone https://github.com/citiususc/SparkBWA.git cd SparkBWA ~/SparkBWA/src/main/native/Makefile.common 파일 수정 CFLAGS = -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -fPIC (변경 또는 추가) mvn package [실행 명령어] spark-submit --class SparkBWA --master yarn-client \ --conf "spark.executor.extraJavaOptions=-Djava.library.path=./bwa.zip" \ --conf "spark.yarn.executor.memoryOverhead=8704" \ --driver-memory 4G --..
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BigBWA Alignment 분석 도구 설치 및 실행 방법
Github 사이트에서 BigBWA 를 다운 받아 설치한다. (https://github.com/citiususc/BigBWA) 1). 애플리케이션 디렉토리로 이동하여 Makefile.common 수정한다. (중요: 컴파일시 -lz 옵션이 추가되지 않으면, gzlib 관련 에러 발생) -변경전 LIBBWA_LIBS = -lrt -변경후 LIBBWA_LIBS = -lrt -lz 2). 애플리케이션 디렉토리로 이동하여 build.sh 코드를 시스템 환경에 맞게 변경 후 실행한다. #!/bin/bash cd BigBWA-master make clean make cd .. bash scp.sh \ 'BigBWA-master/build/BigBWA.jar BigBWA-master/build/bwa.zip' \ /..
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MapSplice2 Alignment 분석 도구 설치 및 실행 방법
MapSplice 2 에서는 Bowtie Builder 로 생성된 레퍼런스 인덱스 파일을 사용한다. Bowtie 인덱스 파일을 이용하여 리드들을 Alignment 하는 분석 단계를 수행한다. python mapsplice.py [options]* \ -c \ -x \ -1 \ -2 명령어 예제). /usr/bin/python ~/MapSplice-v2.2.1/mapsplice.py -p 4 \ --qual-scale phred33 --bam --fusion \ -o /$output_path \ -c ~/hg19 \ -x ~/hg19/hg19 \ -1 ~/R1_001.fastq \ -2 ~/R2_001.fastq
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BLAST Nr/Nt 데이터베이스에서 시퀀싱 서열로 변환 명령어
BLAST NR 데이터베이스에서 FASTA 형태의 Sequences 데이터를 추출할때 다음과 같은 명령어를 이용한다. 명령어 예제). blastdbcmd \ -db est \ -dbtype nr \ -entry_batch myContigList.txt \ -outfmt %f \ -out myHitContigs.fasta
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Burrow-wheeler Transform (BWT)
Burrow-wheeler Transform 알고리즘은 Block-Sorting compression으로 불린다. BWT 알고리즘은 압축을 시킬 파일의 구성 원소를 빈도 수 별로 분석 한 후 분석된 값을 효율 적으로 표현 시키는 data compression에 사용되는 알고리즘이다. 문자열이 BWT에 의해 변환되면 character 의 값은 변하지 않고 순서들만 변하게 된다. 원본 문자열에서 몇몇 substring이 자주 발생하게 되면, 변환된 문자열에서는 single character가 여러 번 반복되는 위치가 생기게 된다. 이것은 move-to-front transform과 run-length encoding에 의해 압축하기에 편리하다. output이 input에 비해서 압축 하기가 쉬운 이유는 많은..
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Burrows-Wheeler Aligner(BWA) Alignment 분석 도구 설치 및 실행 방법
http://bio-bwa.sourceforge.net/ 소스 및 메뉴얼 압축 해제 후 설치를 진행한다. 명령어 예제). make & make install 기본 동작 순서는 다음과 같다. 레퍼런스 시퀀싱을 데이터를 인덱싱한다. 명령어 예제). bwa index -a bwtsw database.fasta 리드 파일들을 레퍼런스 매핑한다. 명령어 예제). bwa aln database.fasta short_read.fastq > aln_sa.sai 매핑된 결과를 SAM 표준 파일로 변환한다. 명령어 예제). bwa sampe database.fasta aln_sa1.sai aln_sa2.sai read1.fq read2.fq > aln.sam 레퍼런스 시퀀싱을 인덱싱 한다. 데이터 Chromosome 별로..
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SRA Toolkit 을 이용한 SRA 파일 FASTQ 로 전환하기
NCBI SRA 파일을 다운로드 후 분석을 위한 FASTQ 파일 포멧으로 변경시 SRA-Toolkit 을 이용하여 변경한다. SRA 파일이 Single 일 경우 fastq-dump 명령어로 변환하면 되지만 Paired-end 경우 다음과 같은 옵션을 지정하여 변경한다. 명령어 예제). fastq-dump --split-files
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Bowtie Alignment 분석 도구 설치 및 실행 방법
Bowtie Aliner 레퍼런스 인덱스를 생성한다. 명령어 예제). ~/bowtie-0.12.8/bowtie-build -f ~/hg19/hg19.fa /$output_path/$output_name 생성된 레퍼런스 인덱스 파일과 리드들을 이용한 Paired-end Alignment 분석을 실행한다. 명령어 예제). ~/bowtie-0.12.8/bowtie \ -v 2 -a -m 100 -q -p 1 \ -S /hg19/hg19 -X 1000 \ -1 ~/R1_001.fastq \ -2 ~/R2_001.fastq > /$output_path/$output.sam