코로나19(SARS-CoV-2) 바이러스 변이 유전역학 데이터 가시화

코로나 19 유전역학 확산 패턴을 확인 할 수 있도록  GISAID 에서 제공하는 데이터와 Auspice( 
Interactive exploration of phylodynamic & phylogenomic data) 를 이용하여 데이터 가시화

Auspice 를 설치하기 위해서는 Python 3.7 버전 이상의 환경이 필요

npm 설치가 되어있지 않으면 우선 아래 명령어를 이용해 npm 설치

rpm -qa | grep node

yum remove -y nodejs npm 

#NodeJS 13.x
# As root
curl -sL https://rpm.nodesource.com/setup_13.x | bash -

# No root privileges 
curl -sL https://rpm.nodesource.com/setup_13.x | sudo bash -

yum install -y nodejs

 

 

npm 을 이용해서 설치가 가능하지만 여기서는 소스를 기반으로 설치 진행

# grab the GitHub auspice repo 
git checkout https://github.com/nextstrain/auspice.git 
cd auspice 

# install dependencies 
npm install 

# make `auspice` available globally 
npm install --global . 

# build auspice 
auspice build 

# test it works 
auspice --version 
auspice --help

#execute
auspice view --datasetDir ./data

 

외부에서 접속 시 장애 발생하면 다음 코드에서 HOST 부분 수정

auspice/cli/view.js 파일 103,104 라인 변경

#change port and host
app.set('port', process.env.PORT || 4000);
app.set('host', process.env.HOST || "0.0.0.0");

 

다시 빌드 이후 실행

auspice build --verbose
auspice view --datasetDir data

 

GISAID 에서 제공하는 SARS-CoV-2 데이터를 다운 받아 데이터 세트 폴더에 두고 재 실행하면 다음 화면과 같이 데이터 세트 선택이 가능한 메인 화면으로 접속 가능

 

COVID-19 데이터 세트 다운로드 후 재 실행한 auspice 메인화면

auspice 를 이용한 COVID-19 역학 데이터 가시화 화면

 

auspice 에서는  JSON 데이터 형식으로 디자인 변경이 가능하며, 왼쪽의 슬라이더 테마를 변경하여 빌드

 {
     "sidebarTheme": {
         "background": "#F2F2F2",
         "color": "#000",
         "sidebarBoxShadow": "rgba(0, 0, 0, 0.2)",
         "font-family": "Lato, Helvetica Neue, Helvetica, sans-serif",
         "selectedColor": "#5097BA",
         "unselectedColor": "#333"
     }
 }

 

다시 빌드 이후 실행

auspice build --verbose --extend ./custom_theme/sidebar_theme.json
auspice view --datasetDir ./data

 

사이드 메뉴 테마 변경

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