Bowtie Alignment 분석 도구 설치 및 실행 방법

Bowtie Aliner 레퍼런스 인덱스를 생성한다.

 

명령어 예제).

~/bowtie-0.12.8/bowtie-build -f ~/hg19/hg19.fa /$output_path/$output_name

 

생성된 레퍼런스 인덱스 파일과 리드들을 이용한 Paired-end Alignment 분석을 실행한다.

 

명령어 예제).

~/bowtie-0.12.8/bowtie \
-v 2 -a -m 100 -q -p 1 \
-S /hg19/hg19 -X 1000 \
-1 ~/R1_001.fastq \
-2 ~/R2_001.fastq > /$output_path/$output.sam